สิบสามปีหลังสงครามปะทุ อามุโร่ เรย์ ผู้บังคับนิวกันดั้มและกองทัพสหพันธ์โลกต้องก้าวลงสู่สมรภูมิอีกครั้ง เมื่อกองทัพนีโอซีออน กลายมาเป็นภัยต่อความสงบสุข