โมโตโกะ คุซานางิ ทหารรับจ้างไซเบอร์เนติกส์ กลับมายังเซ็คชั่น 9 ในปี 2045 เพื่อต่อกรกับภัยคุกคามอุบัติใหม่ที่มาในคราบของพวกเหนือมนุษย์